Desenvolvia-se a Guerra da Coréia (1950-1953) e o governo planejava enviar tropas para lutar ao lado do imperialismo estadunidense. Em resposta, os jovens brasileiros realizaram um grande movimento contra a participação do nosso país naquela guerra de agressão. Dynéas, como principal dirigente da entidade máxima dos estudantes secundaristas, esteve à frente daquela luta vitoriosa. Os jovens comunistas também participaram ativamente da Campanha “O petróleo é nosso”, que culminou na constituição da Petrobrás. 
A partir do XX Congresso do Partido Comunista da União Soviética, ocorrido em 1956, ideias reformistas começaram a ganhar força no movimento comunista internacional, inclusive no Brasil. Alguns chegaram mesmo defender a dissolução do Partido Comunista. Até na direção da combativa Juventude Comunista apareceram idéias como essa. Dynéas, ao lado de outros companheiros,  encabeçou o combate contra tais opiniões consideradas liquidacionistas.
Nos debates do V Congresso do PCB (1960), ele juntou sua voz às de João Amazonas, Maurício Grabois, Pedro Pomar, Ângelo Arroyo e Carlos Danielli em defesa da preservação da linha política revolucionária do Partido Comunista do Brasil. Derrotados em plenário, muitos perderam seus cargos na direção nacional, mas permaneceram nas fileiras do Partido em outras tarefas.
Enquanto os debates ainda se desenvolviam, Dynéas foi enviado a Brasília, recém-inaugurada. Sua primeira tarefa foi assessorar o Sindicato da Construção Civil, dirigido pelos comunistas. Depois tornou-se secretário-geral da Associação dos Servidores Públicos do Distrito Federal, que havia ajudado a fundar. Esteve à frente das primeiras greves dos “candangos” em defesa dos empregos, ameaçados pela conclusão das obras e pelo enxugamento de pessoal proposto pelo governo Jânio Quadros. Na época, já era um dos principais dirigentes regionais do Partido Comunista.
As divergências entre os comunistas brasileiros se agravaram a partir de agosto de 1961, quando a nova direção partidária registrou novos estatutos e programa no Tribunal Superior Eleitoral. Neles não estavam presentes conceitos essenciais, como a afirmação de que o partido se guiava pelo marxismo-leninismo e o internacionalismo proletário. O próprio nome da organização foi mudado, passando se chamar Partido Comunista Brasileiro e não mais Partido Comunista do Brasil.
Então, um grupo de 100 militantes — encabeçados por Amazonas, Grabois e Pomar — elaborou uma carta à direção protestando contra tais mudanças e exigindo a convocação de um congresso para deliberar sobre aquelas propostas. Logo em seguida, seus principais signatários começaram ser punidos e expulsos do Partido.
Dynéas, secretário de agitação e propaganda do PCB em Brasília, não assinou a “Carta dos 100”, pois o documento não havia chegado às suas mãos. Contudo, ele se recusou a distribuir o jornal Novos Rumos que trazia as expulsões dos que discordavam das mudanças em curso. Em seguida, foi repreendido por distribuir o livro Guerra de Guerrilhas, de Che Guevara, publicado pelos mesmos camaradas que estavam sendo punidos. Por isso, foi afastado de suas funções na direção regional e, posteriormente, expulso do Partido. Como os demais, disse que não poderia ser expulso de uma organização política ao qual nunca havia se filiado: o PC Brasileiro.
Em fevereiro de 1962, a corrente revolucionária convocou uma Conferência Nacional Extraordinária visando a reorganização do antigo Partido Comunista do Brasil — que passaria a ser conhecido com PCdoB. Dynéas só ficou sabendo desse evento depois que já tinha ocorrido. Mesmo assim, foi eleito membro suplente da nova direção nacional. Seria o veterano dirigente comunista Lincoln Cordeiro Oest que levaria a notícia até Brasília. Coube-lhe, então, reorganizar o PC do Brasil no Distrito Federal. Começou a difícil empreitada pelos operários do serviço público, que conhecia bem. A tarefa foi realizada com sucesso. Em pouco tempo, metade dos militantes comunistas da capital já estava no PCdoB.
Dynéas Aguiar, como principal dirigente em Brasília, teve um papel importante no Levante dos Sargentos, ocorrido em setembro de 1963. Esses militares reivindicavam simplesmente o direito de serem eleitos para o parlamento. Seu nome entrou no Inquérito Policial Militar (IPM) aberto para apurar os fatos. Em seguida, ele se envolveu numa operação para resgatar um grupo que pretendia iniciar uma guerrilha no interior de Goiás. Houve conflito com a polícia, mas conseguiu escapar. Isso lhe custou um novo processo. 
Participou da reunião do Comitê Central, ocorrida entre 27 e 29 de março de 1964, que alertou para as ameaças golpistas e a necessidade de se preparar a resistência. O golpe militar ocorreu, mas a reação popular não foi à altura das necessidades devido ao predomínio de concepções reformistas no seio do movimento operário e popular.
Mal se concluía o golpe de Estado, Dynéas viajou para a China, liderando o primeiro grupo de militantes que iria fazer um curso político e militar naquele país socialista. Ali ficou por cerca de seis meses. Nesta turma estavam Osvaldo Orlando da Costa (o Osvaldão), Paulo Mendes Rodrigues e Daniel Calado — futuros guerrilheiros do Araguaia. Assim, o PCdoB começava a se preparar para a resistência armada à ditadura militar que se implantava no país.
De volta ao Brasil, sob o comando de Pedro Pomar, foi para o interior de Goiás montar uma área de apoio para um eventual movimento guerrilheiro. A prisão de alguns camaradas fez com que o esquema fosse desmontado. Dynéas, então, passou a compor a Comissão Nacional de Organização, ao lado de Carlos Danielli. Nesta função, viajou para vários estados brasileiros e ajudou a organizar a 6ª Conferência Nacional, em 1966. Nela foi aprovada a necessidade de uma ampla frente política para derrotar o regime e conquistar a liberdade. Entre 1966 e início de 1967, fez parte da direção do PCdoB no Rio Grande do Sul. Depois desse período, reassumiu suas funções na Comissão Nacional de Organização.
Com a prisão de Lincoln Cordeiro Oest, ocorrida em 1968, Dyneas passou a dirigir o Partido em São Paulo. Naquele mesmo ano, manteve os primeiros contatos com os dirigentes da Ação Popular (AP), visando a constituir uma aliança entre as duas organizações no movimento estudantil. Estava neste Estado quando da decretação do AI-5, que radicalizou o terrorismo ditatorial. No ano seguinte, participou das comemorações do 25º aniversário da vitória do povo albanês contra o nazi-fascismo.
Quando eclodiu a resistência armada no sul do Pará, ele e Diógenes Arruda Câmara, recém-saído da prisão, foram enviados para o exterior com o objetivo de divulgar a guerrilha. Dynéas ficou responsável pelo trabalho junto às organizações de esquerda da América Latina. Ajudou a organizar um amplo movimento de solidariedade à luta do povo brasileiro. Primeiro foi para o Chile e depois do golpe militar naquele país se transferiu para a Argentina. Esteve por trás das publicações Jornadas da Luta Popular (Chile), Noticero Brasilero (Argentina) e da revista Araguaia, escrita na Argentina e diagramada e rodada no Rio de Janeiro entre 1974 e 1975.
No final de 1976, participou, ao lado de Diógenes Arruda Câmara, da Conferência dos Partidos Marxista-Leninistas da América Latina, ocorrido após o VII Congresso do Partido do Trabalho da Albânia (PTA). Concluído este evento, seguiu para China numa delegação composta por Amazonas e Renato Rabelo. Ali tomou conhecimento da Chacina da Lapa, na qual foram assassinados três dirigentes nacionais do PCdoB: Pedro Pomar, Ângelo Arroyo e João Batista Drummond.
Mesmo sabendo que corria sério risco, voltou para a América Latina — dominada por ditaduras militares — e procurou saber o que tinha acontecido com o seu Partido. Lentamente retomou contatos com militantes que não haviam sido presos e deu importante contribuição no processo de reestruturação do PCdoB, que culminaria na realização da VII Conferência Nacional, ocorrida na Albânia entre 1978 e 1979. Dynéas — ao lado de Amazonas, Arruda e Renato Rabelo — passou a formar o núcleo dirigente do Partido no exterior.
Com anistia, voltou ao Brasil, mas, por razões de segurança, ficou na clandestinidade até início da década de 1980. Na condição de secretário nacional de Organização, foi um dos principais organizadores do VI Congresso Nacional do PCdoB, realizado clandestinamente em 1983. Naquele processo viajou o Brasil inteiro acompanhando as conferências regionais.
Em 1985, quando terminou o regime militar, o PC do Brasil conseguiu a legalização e foi se consolidando como uma força política nacional, influente e respeitada. Este Partido que crescia rapidamente precisava formar os seus dirigentes e militantes. Dynéas se jogou na tarefa de montar uma Escola Nacional do PCdoB, pela qual passariam centenas de quadros comunistas. Foi este trabalho massivo de formação que, em grande parte, assegurou a integridade do Partido durante a grave crise que atingiu o socialismo a partir do final da década de 1980.
No início dos anos 1990, Dynéas se afastou do Comitê Central, mas continuou atuando em outras frentes partidárias. Inclusive, assumiu o cargo de vice-prefeito da cidade de Campos do Jordão (SP), para o qual foi eleito duas vezes. Mostrou com isso que cargos de direção não são vitalícios e nem devem ser entendido como fim de carreira. Comunista é comunista onde estiver e para onde for destacado, dizia ele.
Desde 2008 Dynéas integrava a equipe do Centro de Documentação e Memória (CDM) da Fundação Maurício Grabóis. Com sua larga experiência e seu conhecimento, vinha dando uma importante contribuição na reconstituição da história dos comunistas brasileiros. História na qual teve destacada participação.
Mesmo acometido de grave moléstia no ano passado — que o colocou a beira da morte — ele conseguiu forças para se recuperar e voltou à militância. Participou de vários eventos partidários com grande entusiasmo. Os últimos deles foram o centenário de Maurício Grabois e João Amazonas, e a inauguração da exposição fotográfica sobre a história do PC do Brasil realizada em Jundiaí em março. Nos seus últimos dias de vida estava animado com os temas propostos para o XIII Congresso do PCdoB, no qual pretendia contribuir no debate sobre a crise do capitalismo e suas conseqüências para os povos. 
Neste ano ele completaria 63 anos de militância comunista ininterrupta, sendo um dos últimos remanescentes daquela plêiade de bravos camaradas que, em 1962, de maneira ousada, se colocaram na tarefa de reorganizar o Partido Comunista do Brasil.