Por considerar o papel estratégico da Educação no Novo Projeto Nacional de Desenvolvimento (NPND), a Fundação promoveu, em 23, 24 e 25 de abril de 2009, o Seminário Os Desafios da Construção do Sistema Nacional de Educação. O evento debateu a Conferência Nacional de Educação (Conae), com destaque para questões relativas à concepção e à construção do Sistema Nacional de Educação, e contribuiu para o debate da Conferência que ocorrerá em 2010.

A diretora Nereide Saviani e a pesquisadora Fabiana Costa representaram a Fundação na Conae. A iniciativa é do governo federal, por meio do Ministério da Educação (MEC). Ela é antecedida de conferências municipais e intermunicipais, e de conferências estaduais. Participam trabalhadores, gestores, estudantes, tanto do setor público como do privado, conselhos de educação, associações de pais de alunos, centrais sindicais, entidades empresariais, movimentos sociais, Ongs, representações legislativas, entre outras representações.